سيواجه مجلس الرئاسة تحديين جوهريين، كلاهما استراتيجي ومصيري، وكلاهما ناتج عن عدم وجود دولة فعلية تقوم بمهمتها كما يجب، التحدي الاول: هو الحفاظ على ما تبقى من مقومات للدولة والعمل بكل جد وكد على تقويتها بمحاربة الفساد وتعزيز قواها الأمنية وتحسين إدارتها بالإصلاحات وأول هذه الإصلاحات، تغيير الحكومة، لكي يثبت مصداقيته ولكي لا يفقد الثقة أمام المواطنين، أما التحدي الثاني: هو الصمود في الدفاع عن سيادة ووحدة اليمن ودورها التاريخي ويكون المجلس حارسا للسيادة والحرية والاستقلال.
يجب أن يعمل المجلس على المستويين: مستوى الحفاظ على ما تبقى من مقومات الدولة، ومستوى الدفاع عن استقلال اليمن وسيادتها، بكل قوة وجهد، هذا هو المدخل الحقيقي لاستعادة الدولة واستعادة ثقة المواطن اليمني ، لابد أن يبدأ المجلس بإجراء الإصلاحات وبقوة ودون مواربة ومناقشة الأخطاء التي أوصلت البلد إلى ما هو عليه ، سواء أخطاء الشرعية أو تحالف دعمها ، بهدف معالجتها ، بدون ذلك سيكون قد فوت على نفسه ما فوته من سبقوه .